作为全国首批博士、硕士学位授予单位，截至2
014年4月，学校拥有博士后流动站14个，一级学科博士学位授权点11个，一级学科硕士学位授权点44个，博、硕士专业学位14种；拥有国家重点学科2个，国家重点培育学科1个，农业部重点学科1个（预防兽医学），江苏省高校优势学科5个，江苏省一级学科重点学科6个，江苏省国家重点学科培育点1个。

根据美国ESI（Essential Science Indicators，基本科学指标库）2012年11月份公布的最新数据，学校的化学、植物与动物科学、工程学、农业科学4个学科的ESI排名进入全球大学和科研机构前1%。

中国语言文学、作物学、兽医学、植物保护农业工程、化学、畜牧学、中国史、数学、水利工程、草学、生物学、中西医结合、马克思主义理论博士后流动站。

兽医学、作物学、化学、畜牧学、文化传承与区域社会发展

中国语言文学、数学、水利工程、中西医结合、中国史、草学

扬州大学一级学科（不包含二级学科）排名如下：