截至2014年9月，学校有32个硕士授权一级学科、14种专业学位授予 权、16个博士授权一级学科和15个博士后流动站；学校还拥有作物学、农业资源利用、植物保护和兽医学等4个一级学科国家重点学科，蔬菜学、农业经济管理和土地资源管理等3个二级学科国家重点学科，及食品科学国家重点培育学科，有8个学科进入江苏高校优势学科建设工程，农业科学、植物与动物学、环境生态学、生物与生物化学等4个学科领域进入ESI学科排名全球前1%。

作物学、植物保护、农业资源利用、园艺学、畜牧学、兽医学、食品科学与工程、公共管理、科学技术史、生物学、水产、农业工程、动物学、生态学、草学。

一级学科博士点：应用经济学、生物学、科学技术史、农业工程、食品科学与工程、作物学、园艺学、农业资源与环境、植物保护、畜牧学、兽医学、水产、农林经济管理、公共管理、草学、生态学。

一级学科硕士点：哲学、理论经济学、社会学、外国语言文学、数学、化学、海洋科学、机械工程、计算机科学与技术、轻工技术与工程、环境科学与工程、林学、中药学、管理科学与工程、工商管理、图书情报与档案管理、风景园林学、应用经济学、生物学、科学技术史、农业工程、食品科学与工程、作物学、园艺学、农业资源与环境、植物保护、畜牧学、兽医学、水产、农林经济管理、公共管理、草学、生态学。

物学、植物保护、农业资源与环境、兽医学、食品科学与工程、农林经济管理、现代园艺科学、农业信息学。

国家重点学科

一级学科国家重点学科：作物学、植物保护、农业资源利用、兽医学

二级学科国家重点学科：蔬菜学、农业经济管理、土地资源管理

国家重点（培育）学科：食品科学

省级重点学科

十二五期间一级学科省重点学科：科学技术史、畜牧学、公共管理、生态学、草学

二级学科省重点学科：植物学、微生物学、科学技术史、食品科学、果树学、植物营养学、动物营养与饲料科学、基础兽医学、临床兽医学、土地资源与管理、生物信息学、农村发展、植物检疫与生物安全、农业信息学。

在教育部第三轮全国高校学科评估中，南京农业大学共有12个学科参评，6个学科排在前5位，10个学科排在前10位，其中农业资源与环境排在第1位。