学校按照“稳定与优化工科，强化经管与理科，扶持人文与社会学科”的专业建设思路，以优化学科与专业结构为重点，加大专业结构调整力度，建设品牌专业和优势专业群，形成了与学校办学定位和发展目标相符合的专业结构与布局。有11个省部级一级重点学科（涵盖39个二级学科）、3个国家特色专业、7个市级特色专业及9个校级特色专业。同时学校紧贴需求，设置并重点建设了新办专业，新办专业均具有学科基础，大部分在原有专业方向基础上发展而来，教学条件好，师资充足，教学质量有保证，学生满意。

重点学科

“十二五”期间重点建设学科的有：1个交通运输部重点学科、10个重庆市一级重点学科（涵盖39个二级学科）。

博士学位

截止2013年7月，学校有水利工程、交通运输工程、管理科学与工程等3个一级学科博士点，13个二级学科博士点（其中11个目录内二级学科博士点，2个目录外二级学科博士点——道路安全理论与技术、交通运输经济），涉及2个学科门类。

硕士学位

截止2013年7月，学校拥有土木工程、水利工程、交通运输工程、管理科学与工程、力学、机械工程、材料科学与工程、计算机科学与技术、测绘科学与技术、马克思主义理论、地理学、工商管理、软件工程等13个一级学科硕士点，55个二级学科硕士点（包括2个一级学科不分设二级学科硕士点——管理科学与工程、软件工程和7个目录外二级学科硕士点——马克思主义新闻理论及实践研究、交通电气装备及控制、土木工程安全与环境、基础设施管养工程、空间数据应用及云计算、道路安全理论与技术、交通运输经济），涉及4个学科门类。

注：标注*为一级学科授权点，标注**表示该一级学科不分设二级学科。

工程硕士

博士后站

学校现有土木工程、水利工程、交通运输工程3个一级学科博士后科研流动站，涵盖15个博士学位授权点，博士后科研流动站内人数逐年不断增加，为学校创造高水平研究成果、拓展学术领域、扩大学术交流提供活力，推动学校产、学、研的不断结合。